Akatsuki, est une organisation extrêmement puissante et dangereuse. Elle est composée de 9 ninjas déserteurs, appelés Nukenin, tous répertoriés dans le Bingo Book, au niveau de Rang S. Ils sont recherchés par tous et sont bien évidemment très puissants avec des pouvoirs uniques et incroyables. Ils ont abandonné leur village pour poursuivre un but plus titanesque. L’organisation exécute la plupart de leur mission à deux. L’Akatsuki est à la recherche de Bijuus, afin d’utiliser leur puissance.